An vier Stellen auf der Oberwelt gibt es geheime Substanzhöhlen, in der jeweils eine mächtige Materia zu finden ist. Um diese Orte erreichen zu können, werden spezielle Chocobos benötigt.
Siehe: Anleitung zur Chocobo-Zucht
Quadra-Zauber
Diese Substanz ermöglicht vier aufeinanderfolgende Anwendungen eines Zaubers oder einer Beschwörung. Ihr findet sie in der Substanzhöhle nordöstlich von Mideel, die nur mit einem blauen oder grünen Chocobo zugänglich ist.
Nachahmen
Mit dieser Substanz kann man die letzte Kampfhandlung der Gruppe wiederholen, ohne dabei MP oder Items zu verbrauchen. Es ist sogar möglich, die eigenen Limit-Breaks nachzuahmen. Sie liegt in einer Höhle auf dem Wutai-Kontinent und erfordert einen grünen Chocobo.
HP ↔ MP
Nur bedingt nützlich, erlaubt diese Materia das Vertauschen der HP und MP des Trägers, sodass er z. B. 999 HP und 9.999 MP hat. Zu finden in der Höhle nördlich von Corel, für die man einen blauen oder grünen Chocobo benötigt.
Ritter der Runde
Die mit Abstand beste (und längste) Beschwörung im ganzen Spiel. Es erscheinen 13 Ritter, die der Reihe nach Flächenschaden gegen alle Feinde verursachen. Leider nicht mit [Quadra-Zauber] koppelbar, wohl aber mit [2x-Aufruf]. Die Substanz liegt in einer Höhle auf der runden Insel in der oberen rechten Ecke der Weltkarte, und ist nur mit einem goldenen Chocobo zu erreichen.